La République slovaque est un État indépendant depuis 1993. Avant cela, elle faisait partie de la Tchécoslovaquie, ce qui fait que l'histoire de la physique des particules de la République slovaque a une origine commune avec celle de la République tchèque.

La recherche en physique des particules a commencé dans les années 1950 avec l'étude des interactions des rayons cosmiques et la théorie quantique des champs. En 1956, la Tchécoslovaquie est devenue membre de l'Institut unifié de recherche nucléaire (JINR) à Doubna, en Russie, et dans les années 1960, des expériences auprès de chambres à bulles ont débuté à Doubna, puis à Serpoukhov. Pendant le Printemps de Prague, à la fin des années 1960, des liens se sont tissés avec les physiciens des pays occidentaux, conduisant à une collaboration triangulaire fructueuse entre Vienne, Budapest et Bratislava, ainsi qu'à des réunions régulières entre les meilleurs physiciens de l'Est et de l'Ouest. En 1968, des discussions relatives à une possible adhésion au CERN de la Tchécoslovaquie ont été interrompues par les bouleversements politiques qui se sont produits dans le pays.

De nombreux chercheurs en physique expérimentale des hautes énergies se sont formés au sein d’expériences à Doubna et Serpoukhov. Forts de cette expérience et des liens établis avec le CERN, les physiciens de Slovaquie étaient prêts à mener des recherches au CERN lorsque la Tchécoslovaquie a rejoint le CERN en 1992 ; après la séparation, la République slovaque est devenue un État membre de plein droit en 1993.

Aujourd'hui, la recherche en physique des hautes énergies se fait principalement dans quatre instituts situés à Bratislava et à Košice, et porte essentiellement sur les expériences ATLAS et ALICE au LHC. Des groupes de recherche de Bratislava, qui participent activement à des études sur la structure nucléaire, réalisent des expériences à ISOLDE. De plus petits groupes ou des chercheurs seuls prennent part à d'autres collaborations au CERN (NA49, NA57), ainsi qu'à des expériences auprès d’accélérateurs menées dans d'autres laboratoires.

Un site web est consacré à la communication grand public : Un monde de particules.