Le Portugal est devenu un État membre du CERN en 1986. The Laboratoire d'instrumentation et de physique des particules expérimentale (LIP) a été créé la même année afin de mener toutes les activités liées à la physique des particules expérimentale, auxquelles prennent part des chercheurs universitaires ainsi que le personnel scientifique du LIP.

Le LIP participe activement aux programmes du CERN, notamment aux expériences et technologies du LHC (ATLAS, CMS et WLCG), ainsi qu'à la collaboration COMPASS. Le Centre portugais pour les technologies nucléaires (CTN/IST) dirige l'activité d'une importante équipe de recherche qui utilise l'installation ISOLDE du CERN.

Pour le Portugal, le CERN a toujours été une plateforme privilégiée pour la formation de pointe des jeunes ingénieurs. La Fondation portugaise pour la science et la technologie (FCT) dirige un programme dans le cadre duquel plus de 200 jeunes ingénieurs ont effectué un stage de deux ans au CERN dans des domaines technologiques de pointe, contribuant aux travaux pour le LHC. Pour les enseignants du secondaire, le LIP et le CERN coorganisent le programme destiné aux enseignants de langue portugaise, avec le soutien de l'agence Ciência Viva.

Le Portugal met l'accent sur les activités informatiques de la Grille de calcul, le LIP étant un centre de niveau 2 et un partenaire des projets européens EGI et EOSC.