L'Autriche est devenue un État membre du CERN en 1959. À cette époque, le CERN offrait le cadre idéal pour permettre à l'Autriche de hisser rapidement et efficacement sa recherche au rang international. En 1966, l'Institut de physique des hautes énergies de l'Académie autrichienne des sciences (HEPHY) a été créé. En parallèle, un petit groupe a été constitué à l'Université d'Innsbruck. Par la suite, les physiciens autrichiens ont participé activement à plusieurs expériences à la frontière des hautes énergies menées auprès de différents accélérateurs du CERN, des ISR au LHC.

Deux physiciens d'origine autrichienne ont occupé la fonction de directeur général du CERN. Il s'agit de Victor Weisskopf (1961-1965) et de Willibald Jentschke (1971-1975).

Aujourd'hui, l'HEPHY participe à l'expérience CMS au LHC. Il est responsable d'une grande partie du système de déclenchement de CMS et participe à la construction du trajectographe au silicium interne, du calorimètre à haute granularité (HGCAL) et de l'électronique de lecture. L'Institut compte également parmi ses membres des spécialistes des méthodes d'analyse de données de pointe pour la trajectographie et le repérage des vertex. Le groupe d'Innsbruck participe à l'expérience ATLAS, où il travaille au développement de logiciels pour l'analyse des données de physique.

L’Université technique de Vienne (TU Wien) héberge l'Atominstitut et son réacteur TRIGA. Cet institut est spécialisé dans la recherche en physique et en astrophysique des particules à l'aide de neutrons. Il étudie également les réactions induites par les neutrons auprès de l'installation n_TOF. L'Institut Stefan Meyer de physique subatomique (SMI) de l'Académie autrichienne des sciences, situé à Vienne, participe à deux expériences au CERN : la collaboration ASACUSA, auprès de l'installation AD/ELENA, qui mesure les propriétés de l'antihydrogène, et la collaboration ALICE, qui étudie les collisions d'ions lourds (depuis 2015). Grâce à son savoir-faire en matière de séquençage rapide, le SMI participe à la mise à niveau des détecteurs à petits angles d'ALICE.

L'HEPHY organise régulièrement les célèbres Conférence de Vienne sur l'instrumentation et Conférence « Alps » (« Alpine LHC Physics Summit »). L'Autriche a déjà été pays-hôte pour la Conférence sur la physique des hautes énergies de la Société européenne de physique, la Conférence européenne sur les accélérateurs, l'École européenne de physique des hautes énergies et les écoles du CERN sur l'informatique et les accélérateurs.